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Le Prix de l'Innovation (créé en 2008) est une initiative de l'École Polytechnique et du CNRS soutenue financièrement par la Campagne. Ce prix a pour objectif de faire émerger de nouveaux brevets et d'aider à la création d'entreprise. Les différents prix de 10 000 et 15 000 euros sont rendus possibles grâce à la générosité des Polytechniciens.
Chaque année, un jury composé de représentants de l'École, de la Fondation et de partenaires du monde de la recherche et de l'entreprise, examine les candidatures selon différents critères : la qualité scientifique, le caractère innovant du produit ou de la technologie à valoriser, la potentialité économique, la construction du projet de création d'entreprise sur les 24 prochains mois, et le cas échéant pour la catégorie « brevet », la construction du projet de maturation.
Le lauréat dans la catégorie Création d'Entreprise est Monsieur Sébastien DINE pour le projet SOLAYL :
L'entreprise SOLAYL en cours de création est un fournisseur de « solutions et composants innovants pour la gestion optimisée de l'énergie RF ».
Le lauréat dans la catégorie Brevet est Monsieur François OZANAM (Directeur du Laboratoire de Physique de la Matière Condensée (PMC)
Ce portefeuille de brevets protège une nouvelle architecture de biocapteur qui combine plusieurs modes de détection - en fluorescence, en résonance plasmon et à terme, en diffusion raman.
Pour l'application puce à protéines - pas d'amplification possible, la très bonne sensibilité est un atout majeur, point validé par plusieurs publications.
Un système optique - également protégé- permet de combiner les différentes images, séquentiellement, sans déplacer l'échantillon, pour une meilleure qualité d'analyse.
Deux familles de brevets déposés en copropriété entre le CNRS, l'École Polytechnique et Lille 1 (collaboration entre deux UMRs localisées à l'École Polytechnique et à Lille1), forte implication de chercheurs statutaires CNRS ou École Polytechnique dans la maturation technologique
La cérémonie de remise des prix a eu lieu sur le campus le 18 novembre 2010 à l'occasion du Forum de l'X, en présence d'Yves Lapierre, (X1974), Directeur de l'INPI.

Projet récompensé dans la catégorie Brevet :
Michel FLIESS, Directeur de recherche au CNRS au sein du Laboratoire d'Informatique de l'X (LIX) et ancien élève de l'École polytechnique (X 1965), a été récompensé pour sa Commande « sans modèle » pour aménagements hydroélectriques en cascades. Cette invention concerne un procédé de régulation du niveau d'eau dans un aménagement hydraulique, soumis à de fortes contraintes et à des perturbations importantes. Elle concerne également un système de régulation et un produit programme d'ordinateur correspondants.
Dans la catégorie « Création d'Entreprise », le prix a été attribué à l'entreprise Magpie Polymers qui projette de développer l'utilisation de polymères pour l'absorption des métaux dissous dans l'eau. La technologie de Magpie Polymers repose sur une famille de polymères qui capte spécifiquement les métaux lourds. Ces polymères servent aussi bien à dépolluer l'eau qu'à valoriser le métal. Ils ont été développés dans les laboratoires de l'École Polytechnique et ont fait l'objet de brevet en 2007 et 2009 en PCT (Europe + Amérique du nord). Le défi est d'amener le projet plus loin en créant un produit commercialisable. La start-up souhaite dans un premier temps proposer une solution de filtration contenant les polymères, puis se développer et proposer le service complet de filtration qui lui permettra d'avoir plus de liberté sur la récupération des métaux et leur valorisation.
Les lauréats de la seconde édition du prix de l'innovation de l'Ecole Polytechnique ont reçu leurs prix le jeudi 17 décembre 2009.

Dans la catégorie brevet, les lauréats sont Pere Roca i Cabarrocas et Yassine Djeridane dont l'invention concerne les Cellules Photovoltaïques en Couches Minces obtenues par épitaxie plasma à basse température sur alliage Fe-Ni, travaux menés en collaboration avec la Société Arcelor Mittal.
Les lauréats de la catégorie création d'entreprise sont Johan George des Aulnois, Marion Franc, Mejdi Nciri et Maud Vinour pour le projet PULSE, basé sur un brevet du Laboratoire d'Optique Appliquée et porté par des étudiants de l'Institut d'Optique Graduate School; il concerne les lasers femtoseconde et leurs applications dans le domaine de l'usinage.